Détection rapide des Nocardia sur prélèvements : mise au point et évaluation d'un protocole de PCR "maison" utilisant la technique de séquençage haut débit Oxford Nanopore Technologies

    OUHBI, Ayoub (2026)
Thèse d'exercice
    Titre
    Détection rapide des Nocardia sur prélèvements : mise au point et évaluation d'un protocole de PCR "maison" utilisant la technique de séquençage haut débit Oxford Nanopore Technologies
    Auteur
    OUHBI, Ayoub
    Directeur de thèse
    HODILLE, Elisabeth
    Date de soutenance
    12 janvier 2026
    Discipline
    Pharmacie
    Résumé
    La nocardiose occupe une place particulière parmi les infections rencontrées en milieu hospitalier. C’est une infection peu fréquente, mais grave et redoutée. Rare, car elle ne concerne qu’un petit nombre de patients chaque année. Grave, car elle survient presque toujours dans des contextes de patients fragiles : greffe d’organe, traitement immunosuppresseur, corticothérapie prolongée ou infection par le VIH. Dans ces situations, un retard diagnostique peut avoir des conséquences lourdes, parfois fatales.
    Le problème est que la nocardiose est difficile à diagnostiquer. Sur le plan sémiologique et radiologique, elle ressemble à bien d’autres maladies, et sur le plan microbiologique, les cultures sont longues, parfois négatives et présentent une faible sensibilité. Le développement des techniques de biologie moléculaire, notamment la PCR, a donc représenté une avancée déterminante dans le diagnostic rapide de la nocardiose. En quelques heures, il est désormais possible de confirmer ou d’écarter la présence d’une Nocardia, là où la culture demande plusieurs jours.
    Dans ce travail réalisé au laboratoire de microbiologie de l’hôpital de la Croix-Rousse, deux protocoles de PCR développés en interne et basés sur l’amplification de l’ARN16S, appelés 20X et 12X, ont été évalués et validés pour leur capacité à détecter des espèces de Nocardia dans des prélèvements surchargés en Nocardia. Ces protocoles ont été comparés à la culture bactérienne afin d’en mesurer la sensibilité et la reproductibilité. Six espèces de Nocardia ont ainsi été testées.
    Les résultats obtenus ont montré que la PCR 20X a détecté 91% des échantillons, avec des sensibilités allant de 79,2% à 100% selon les espèces de Nocardia. La PCR 12X a atteint 97,7% de détection globale, avec des sensibilités comprises entre 92,5% et 100%, et a permis de détecter des charges bactériennes jusqu’à 10⁻⁷ UFC/mL, soit mille fois plus faibles que celles détectées par culture. Ces résultats confirment que les deux PCR maison sont capables de détecter efficacement plusieurs espèces de Nocardia, avec un avantage significatif pour la PCR 12X, plus sensible et plus rapide. Elle constitue ainsi une alternative fiable, robuste et adaptée pour le diagnostic des nocardioses.
    Au-delà de la microbiologie, l’objectif de cette étude est d’encourager et de promouvoir l’élaboration d’outils diagnostiques « maison », en adaptant les ressources locales et les moyens disponibles aux besoins réels et spécifiques du laboratoire hospitalier. Ce travail incarne une approche pragmatique et innovante, axée sur l’amélioration du diagnostic, et témoigne d’une détermination affirmée à optimiser la qualité de la prise en charge des patients.
    Mots-clés
    Nocardia
    PCR
    Diagnostic moléculaire

Citation bibliographique

OUHBI, Ayoub (2026), Détection rapide des Nocardia sur prélèvements : mise au point et évaluation d'un protocole de PCR "maison" utilisant la technique de séquençage haut débit Oxford Nanopore Technologies [Thèse d'exercice]